Capítulos de la segunda temporada
- Sangre mala
Michael y Sara buscan a Pope para que los ayude a buscar una pista que afecte a La Compañía. C-Note es atrapado y teme por su familia. Sucre encuentra a Maricruz. T-Bag visita su hogar de niño y libera a los Hollanders.
- Colada
Michael, Lincoln y Sara encuentra la evidencia de la conspiración, pero Mahone descubre sus planes. Bellick va en busca de Sucre. T-Bag se hace pasar por un psiquiatra para robarle la identidad. Kellerman prepara el asesinato de Reynolds. C-Note es amenazado para que se suicide.
- Dulce Caroline
Michael utiliza la grabación para amenazar a la Presidente Reynolds, mientras Lincoln busca la ayuda de un amigo. Mahone captura a Sara. T-Bag pierde el dinero de Westmoreland, y Bellick captura a Sucre. C-Note recibe una nueva oferta para salvar a su familia y a sí mismo.
- Panamá
Sara se entrega al FBI para que Michael y Lincoln escapen a Panamá. Bellick obliga a Sucre a buscar el dinero de Westmoreland. C-Note testifica contra Mahone y es liberado.
- Fin del camino
Michael ha decidido poner fin al reinado de terror de T-Bag, para ello se aliará con uno de sus peores enemigos. Mientras tanto Lincoln se pondrá a la defensiva al igual que Mahone. Sarah afrontará su primer día de juicio y Kellerman decidirá su propio destino.
- Sona
La declaración de Kellerman libera de todos los cargos a Sara y a Lincoln. Michael intenta salvar la vida de su hermano en manos de Mahone. Sucre busca a Bellick para encontrar a Maricruz, mientras que T-Bag se encuentra con Bellick en una carcel panameña.