Capítulos de la cuarta temporada
- Scylla
Michael sigue la pista a Gretchen, Whistler y Mahone hasta Los Angeles, donde viajan con un sospechoso objetivo. Cuando Whistler le cuenta el motivo por el que se marchó con ellos al escapar de la cárcel de Panamá y que Sara aún sigue con vida, el destino de Michael da un giro definitivo. Mientras, el caos reina en Sona cuando se descubre que los presos T-Bag, Bellick y Sucre se han fugado. Lincoln toma la decisión de quedarse con Sofia y su hijo, pero el descubrimiento que acaba de hacer su hermano le convertirá de nuevo en un perseguidor de La Compañía.
- Rompiendo y entrando
Michael, Lincoln y el resto del equipo designado para encontrar Scylla, la tarjeta de memoria, recibirán a un nuevo miembro, Roland, experto en informática y escogido por el agente Don Self para colaborar con el proyecto contra La Compañía. Por su parte, Wyatt, el sicario de la temible organización, continúa la búsqueda de los hermanos Scofield y Burrows. Mientras, T-Bag prosigue su camino hacia el Norte.
- Cancelado
Tras descubrir que hay 6 tarjetas y 6 portadores, Don Self advierte a Michael que tienen 24 horas para encontrar la siguiente parte de Scylla. Sin embargo, el agente recibe órdenes de sus superiores para abortar la operación y el equipo vuelve a manos de la policía. Todos, menos uno. Mientras, la búsqueda de Wyatt continua y T-Bag comienza una nueva vida con el material que consiguió en la estación y que iba a ser para Whistler.
- Águilas y ángeles
Michael y los demás localizan a otro portador de un fragmento de Scylla en un consulado. Cuando se acercan a inspeccionar, descubren que es la esposa del cónsul, muy cercana al jefe de La Compañía. La preparación de una gala en honor de la mujer y de algunos policías muertos en acto de servicio les podría dar la oportunidad de apoderarse de la tarjeta haciéndose pasar por agentes. Mientras, Sara está destrozada al saber que Bruce ha muerto.
- Sanos y salvos
Self localiza a otro portador de Scylla en un edificio federal al que él tiene acceso. Según lo planeado por Scofield, Self se presenta en el despacho donde está guardada la tarjeta pero no puede acceder a ella porque está en una caja fuerte de máxima seguridad. El grupo tendrá que hallar otra manera de copiar su contenido. Mientras, Sara descubre que Wyatt la sigue e informa a Mahone, que sigue tras su pista para vengar el asesinato de su hijo.